2010: Hôn nhân

Vào tháng 2 năm 2010, Eun tuyên bố sẽ kết hôn với mối tình đầu của mình, một phụ nữ hơn anh ba tuổi. Họ biết nhau từ năm 1994 tại Hawaii, nhưng sau đó chia tay khi Eun trở về Hàn Quốc để bắt đầu Sechs Kies. Eun và Lee Sooyeon đã tái hợp 13 năm sau đó và có một mối quan hệ ổn định. Chồng sắp cưới của Eun là chị dâu khi kết hôn với cầu thủ bóng đá Lee Dong-Gook. Vào ngày 7 tháng 4, Eun rời Hawaii để chuẩn bị cho lễ cưới, dự kiến ​​vào ngày 20 tháng 4. Mặc dù việc quay phim trong 1 Đêm 2 Ngày đã bị hoãn do ROKS Cheonan bị chìm, Eun và cha mẹ trở về Hàn Quốc vào ngày 22 tháng 4 và anh đã được phỏng vấn trên chương trình Giải trí TV của Night Night của SBS; anh nói nó giống như quay quảng cáo với vợ. Vào ngày 29 tháng 4, bức ảnh đầu tiên của lễ cưới đã bị rò rỉ ra công chúng, trong đó cặp đôi đang đi xuống lối đi với gia đình và bạn bè chúc mừng họ.

2013: Thông báo ly hôn

Vào ngày 28 tháng 2 năm 2013, Eun tuyên bố rằng anh và vợ đã ly dị vào tháng 8 năm 2012. Một tuyên bố từ quản lý của anh cho biết: "Eun Ji-won đã cưới vợ cô ấy, cô Lee Sooyeon vào tháng 4 năm 2010, nhưng hai người đã quyết định chia tay vào tháng 8 năm 2012. Họ quyết định đi theo con đường riêng của họ để có thể có được cuộc sống mới sau những khó khăn trong việc hòa đồng do sự khác biệt trong tính cách ".